光纖激光切割機在切割鋼板或者鐵板時，一般都必須在板上穿一個小孔。除少數情況可以從板邊緣開始外，之前在激光沖壓復合機上是用沖頭先沖出一個孔，然后再用激光從小孔處開始進行切割。對于沒有沖壓裝置的激光切割機有兩種穿孔的基本方法：

    爆破穿孔――材料經連續激光的照射后在中心形成一個凹坑，然后由與激光束同軸的氧流很快將熔融材料去除形成一個孔。一般孔的大小與板厚有關，爆破穿孔平均直徑為板厚的一半，因此對較厚的板爆破穿孔孔徑較大，且不圓，不宜在加工精度要求較高的零件上使用，只能用于廢料上。此外由于穿孔所用的氧氣壓力與切割時相同，飛濺較大。

    脈沖穿孔――采用高峰值功率的脈沖激光使少量材料熔化或汽化，常用空氣或氮氣作為輔助氣體，以減少因放熱氧化使孔擴展，氣體壓力較切割時的氧氣壓力小。每個脈沖激光只產生小的微粒噴射，逐步深入，因此厚板穿孔時間需要幾秒鐘。一旦穿孔完成，立即將輔助氣體換成氧氣進行切割。這樣穿孔直徑較小，其穿孔質量優于爆破穿孔。為此所使用的激光器不但應具有較高的輸出功率；更重要的是光束的時間和空間特性此外脈沖穿孔還須要有較可靠的氣路控制系統，以實現氣體種類、氣體壓力的切換及穿孔時間的控制。